Πέρα από την διατήρηση της θερμοκρασίας και την ανανέωση με οξυγόνου του ενυδρείου μας, ιδιαίτερα απαραίτητο είναι το φιλτράρισμα του νερού.

Ο βιότοπος ενός ενυδρείου παράγει ένα σωρό ακαθαρσίες, οι οποίες προέρχονται είτε από τα ψάρια, είτε από τα φυτά, είτε ακόμα και από τα υπολείμματα των τροφών που δεν καταναλώνονται. Το αποτέλεσμα είναι να δείτε το νερό να αποκτά μία ωχρή απόχρωση και στη συνέχεια να μυρίζει άσχημα. Πέρα από την όψη και την μυρωδιά, γίνεται και τελείως ακατάλληλο για την διαμονή των ψαριών αλλά και των φυτών μέσα σε αυτό.

Ο καθαρισμός του γίνεται με δύο τρόπους, ο ένας και ο πιο απλός, είναι η μερική αντικατάστασή του με φρέσκο νερό, σε ίδια θερμοκρασία με το υπάρχον, σε ποσοστό περίπου 10 με 20%. Η απομάκρυνση του χρησιμοποιημένου νερού μπορεί να γίνει με μία αντλία, της οποίας το στόμιο θα τοποθετήσουμε στο κάτω μέρος του ενυδρείου προκειμένου να απορροφήσει και τις ακαθαρσίες που έχουν στερεά μορφή. Θα πρέπει βέβαια να προσέξετε μην τραυματίσετε κάποιο ψαράκι κατά την διαδικασία αυτή. Επίσης το φρέσκο νερό θα πρέπει να το ρίξετε προσεκτικά μέσα στο ενυδρείο για να μην τρομάξετε τα ψάρια σας.

Ο δεύτερος τρόπος καθαρισμού του νερού, γίνεται με την χρήση ενός κατάλληλου φίλτρου, το οποίο τοποθετείται στο εσωτερικό της δεξαμενής και λειτουργεί συνεχώς. Αυτό το φίλτρο όμως, χρειάζεται ανά τακτά χρονικά διαστήματα καθάρισμα. Το φίλτρο δουλεύει ως εξής, απορροφά το νερό από την μία του οπή, το φιλτράρει μέσω ενός πορώδους υλικού και στη συνέχεια το διοχετεύει καθαρισμένο πλέον στο ενυδρείο. Υπάρχουν και φίλτρα τα οποία καλύπτουν όλη την επιφάνεια στον πάτο του ενυδρείου και αφού καθαρίσουν το νερό, στη συνέχεια το διοχετεύουν προς τα πάνω, βοηθώντας παράλληλα και στον στροβιλισμό του νερού. Τα φίλτρα αυτού του τύπου τοποθετούνται εξ αρχής στο ενυδρείο μας και τα καλύπτουμε με ένα στρώμα χαλικιών. Θα πρέπει να έχετε υπόψη σας πως ένα φίλτρο ενεργού άνθρακα, θα απορροφά και τις χημικές ουσίες που θα ρίχνετε μέσα στο νερό. Οι ουσίες αυτές βοηθούν στο να ηρεμήσουν τα ψάρια, στο να διατηρηθεί σταθερά το Ph του νερού, να εμπλουτίσουν με βιταμίνες το νερό και διάφορα άλλα, τα οποία θα αναλύσουμε σε άλλη ενότητα.

Τα βιολογικά φίλτρα, αναπτύσσουν διάφορα βακτηρίδια, τα οποία μετατρέπουν την αμμωνία που παράγεται από τις ακαθαρσίες των ψαριών σε νιτρώδεις ενώσεις, και στη συνέχει σε νιτρικές, που είναι λιγότερο ακίνδυνες για τα ψάρια, ενώ είναι και τροφή για μερικά ήδη φυτών. Το θετικό αυτού του φίλτρου είναι ότι δεν χρειάζεται ιδιαίτερη συντήρηση, δεν φαίνεται μιας και τοποθετείται κάτω από το στρώμα των χαλικιών, ενώ αν η ποσότητα του νερού είναι μεγάλη, θα πρέπει να ενισχυθεί με την βοήθεια μίας αντλίας νερού. Εδώ θα πρέπει να προσέξετε αν έχετε ψάρια που σκάβουν τα χαλίκια, να τοποθετήσετε ένα πλέγμα ανάμεσα στο φίλτρο και στο υπόλοιπο στρώμα των χαλικιών, για να μην μείνει εκτεθειμένο.

Τα φίλτρα γενικά θα πρέπει να τα τοποθετήσετε στο ενυδρείο σας πριν την διακόσμηση τους με διάφορα χαλίκια βραχάκια κτλ, ενώ θα πρέπει να προβλέψετε αντίστοιχα ανοίγματα στο καπάκι, προκειμένου να περάσουν οι σωλήνες παροχής αέρα, ή νερού.