Η τοποθέτησή τους, εκτός από το αισθητικό κομμάτι, εξυπηρετεί στην ανάπτυξη βακτηριδίων τα οποία όπως είδαμε σε προηγούμενο άρθρο, βοηθούν στον καθαρισμό του νερού, εξυπηρετούν σε ορισμένα είδη ψαριών στο να εναποθέτουν τα αυγά τους, βοηθούν τα φυτά στο να εξαπλώσουν τις ρίζες τους, αλλά και χρησιμοποιούνται ως χώρος παραμονής για ορισμένα ψάρια κατά την διάρκεια της νύχτας.

Το πρώτο πράγμα που θα πρέπει να προσέξουμε όταν θα αγοράσουμε χαλίκια, είναι το χρώμα τους. Τα ψάρια χρησιμοποιούν τα χαλίκια, όταν πλησιάζουν στον πυθμένα, για να κρύβονται από τα σαρκοφάγα. Το χαλίκι εκείνο έχει μία σκούρα απόχρωση που πλησιάζει το γκρι και βοηθά στην απόκρυψή τους, ενώ παράλληλα αναδεικνύει τα χρώματά τους μέσα στο ενυδρείο μας. Θα πρέπει να προσέξετε ώστε να μην είναι ούτε πολύ ψιλά, ούτε πολύ χοντρά. Τα ψιλά χαλίκια θα εμποδίσουν τόσο το φίλτρο να δουλέψει μιας και θα αφήνουν πάρα πολύ μικρά κενά ανάμεσά τους, όσο και τα φυτά στο να εξαπλώσουν τις ρίζες τους, ενώ τα πολύ χοντρά θα αφήσουν την τροφή που δεν καταναλώθηκε να εισχωρήσει μέσα τους. Το ιδανικό μέγεθος είναι τα σωματίδια να έχουν διαστάσεις γύρω στα 2 με 3mm. Θα πρέπει να αποφύγετε χαλίκια που έχουν μαζευτεί από την θάλασσα και τις παραλίες, καθώς περιέχουν υπολείμματα κοχυλιών τα οποία είναι πλούσια σε ασβέστιο και το οποίο με την σειρά του έχει αρνητική επίδραση στο νερό μας. Υπολογίστε ότι θα χρειαστείτε περίπου 90 λίτρα χαλικιών για κάθε 900 κυβικά εκατοστά νερού και αν μάλιστα θελήσετε να διαμορφώσετε κάποια υψώματα, θα χρειαστείτε ακόμα μεγαλύτερη ποσότητα.

Προσεκτική επιλογή θα πρέπει να κάνουμε και στα βράχια που θα τοποθετήσουμε στο ενυδρείο μας. Θα πρέπει να αποφύγετε τα μαλακά βραχάκια τα οποία θα διαλυθούν μέσα στο νερό, αυτά που έχουν αιχμηρές ακμές, γιατί θα τραυματίσουν τα ψάρια, ενώ θα πρέπει να προσέξετε την χημική τους σύσταση. Βράχια από ασβεστόλιθο, ή που περιέχουν ορυκτά μεταλλεύματα θα πρέπει να αποφεύγονται. Τα πλέον κατάλληλα είναι αυτά από γρανίτη, βασάλτη, χαλαζία και σχιστόλιθο. Επίσης να αποφύγετε την τοποθέτηση τούβλων, ή διάφορων κλιμακωτών επιπέδων κατασκευασμένα από τσιμέντο.

Πριν τοποθετήσετε είτε τα χαλίκια, είτε τα βραχάκια μέσα στο ενυδρείο σας, θα πρέπει να τα καθαρίσετε πολύ καλά. Αυτό θα το κάνετε γεμίζοντας έναν κουβά μέχρι την μέση με χαλίκια και στη συνέχεια τον τοποθετείτε κάτω από μία ανοιχτή βρύση. Θα έχουν καθαρίσει, όταν το νερό που θα ξεχειλίζει θα είναι τελείως καθαρό και διάφανο. Οι μεγάλοι βράχοι θα πρέπει να τοποθετηθούν πρώτοι και να τους καλύψετε την βάση με αρκετά χαλίκια για να αποφύγετε την μετακίνησή τους. Επίσης θα πρέπει να προσέξετε στην ποσότητα των βράχων που θα τοποθετήστε, έτσι ούτως ώστε να μην εμποδίζετε την κίνηση των ψαριών σας. Με τους βράχους επίσης μπορείτε να κρύψετε διάφορα εξαρτήματα του ενυδρείου, όπως σωλήνες, φίλτρα και θερμαντήρες.

Πέρα από αυτά όμως, μπορείτε να διακοσμήσετε το ενυδρείο σας με διάφορα κομμάτια κορμών δέντρου, φλοιούς και κούτσουρα, τα οποία όμως θα πρέπει να βεβαιωθείτε πως έχει σταματήσει η αποσύνθεσή τους, καθώς και ότι δεν θα αρχίσουν να διαλύονται μέσα στο νερό. Για να αποτρέψετε επίσης την τάση τους να επιπλέουν, μπορείτε να τα κολλήσετε, είτε ακόμα και να τα βιδώσετε στον πάτο του ενυδρείου.